Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama (IAINU) Kebumen merupakan Perguruan Tinggi Keagamaan Islam tertua dan terbesar di Kebumen. Dalam lintas perjalanan sejarahnya, IAINU Kebumen merupakan hasil transformasi yang berkembang dalam beberapa fase, yaitu: fase rintisan, fase pendirian, fase pengembangan, dan fase alih status.

1.   Fase Rintisan (1974‑1994)

Partisipasi kaum Nahdliyin (NU) terhadap pengembangan telah     dibuktikan     dengan     memiliki     banyak     lembaga-­lembaga; pendidikan seperti Pondok Pesantren, Raudhatul Athfal, Madrasah Ibtidaiyah, Madrasah Tsanawiyah, sampai Madrasah ‘Aliyah. Bahkan NU   dengan   Lembaga   Ma’arif   banyak   pula   mendirikan   lembaga- lembaga pendidikan yang berbasis ilmu umum seperti SMP dan SMK. Mendirikan Perguruan Tinggi Islam di Kebumen merupakan tekad kuat masyarakat, terutama kaum Nahdliyin Kebumen.

Semangat membangun SDM umat Islam yang berwawasan ilmiah,   kritis,   inovatif,   responsif   dan   piawai   dalam   kajian-­kajian keIslaman membutuhkan hadirnya Sekolah Tinggi Islam di Kebumen. Upaya mengaplikasikan keinginan yang kuat Nahdhiyyin Kebumen, maka pada tahun 1973 berhasil meminta IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta untuk membuka cabang di Kebumen dengan Fakultas Ushuluddin. Hadirnya IAIN Sunan Kalijaga di Kebumen merupakan Perguruan Tinggi Pertama yang dibuka di kawasan Karesidenan Kedu. Menurut sejarah, walaupun hanya satu program studi yang dibuka, namun sambutan umat Islam di Kebumen pada waktu itu sangat antusias.

Tetapi dalam kelanjutannya, muncul peraturan pemerintah terhadap Perguruan Tinggi Negeri pada tahun 1974 yang secara tegas menyebutkan bahwa Kelas Paralel/Filial/Cabang yang ada di luar kota tidak diakui berstatus sama dengan fakultas yang ada di Perguruan Tinggi induknya. Ketentuan tersebut memaksa cabang-­‐‑ cabang Perguruan Tinggi lain untuk menentukan sikap (memisahkan diri atau memproses dan berusaha mendapatkan status sendiri). Atas dasar itulah IAIN Sunan Kalijaga yang baru satu tahun di Kebumen harus ditarik kembali ke Yogyakarta.

Ditariknya Fakultas Ushuluddin dari Kebumen tidak melemahkan semangat kaum Nahdliyin untuk tetap mempertahankan kehadiran Perguruan Tinggi Islam. Hal ini disiasati dengan tetap membuka Fakultas Ushuluddin, akan tetapi tidak lagi menginduk kepada IAIN Yogyakarta melainkan kepada Universitas Nahdlatul Ulama (UNU) Surakarta.

Semangat memiliki Sekolah Tinggi di Kebumen semakin dirasakan menjadi kebutuhan yang mendasar, terutama kebutuhan terhadap  tenaga-­‐‑tenaga  professional  dan  akademik  yang  mampu menjawab       tantangan-­‐‑tantangan       perkembangan       masyarakat Islam.Tidak berlebihan, atas dasar pemikiran tersebut, maka para fungsionaris NU dan kaum Nahdliyin Kebumen melakukan serangkaian    persiapan-­‐‑persiapan    untuk    mewujudkan    hadirnya Perguruan Tinggi Islam yang tidak lagi meginduk kepada UNNU Surakarta.

Secara yuridis formal (resmi), tahun 1978 adalah tonggak sejarah dengan nama Universitas Nahdlatul Ulama (UNNU) Kebumen dengan Fakultas Hukum Islam/Syari’ah (Qodho). Dengan demikian sejak tahun itu pula UNNU Kebumen tidak lagi berinduk pada UNNU Surakarta akan tetapi secara resmi berdiri sendiri. Adanya tuntutan tenaga      akademis      tentang      kebutuhan      tenaga‐tenaga      yang representatif dan professional dibidang pendidikan Islam, maka pada tahun 1985 UNNU Kebumen membuka Fakultas Tarbiyah dengan Jurusan Pendidikan Islam. Dengan demikian Fakultas yang ada pada waktu itu antara lain Fakultas Syari’ah dan Fakultas Tarbiyah.

2.   Fase Pendirian STAINU (1994‑2000)