Bendera Institut

1. Bendera IAINU Kebumen berbentuk empat persegi panjang, yang  lebarnya 2 : 3 dari panjangnya;
2. Bendera IAINU Kebumen berwarna dasar hijau tua, melambangkan perjuangan dalam menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional;
3. Bagian tengah bendera terdapat lambang Institut dan di bawah lambang terdapat tulisan IAINU Kebumen.

Bendera Fakultas dan Sekolah Pascasarjana

1. Bendera Fakultas dan Sekolah Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang dengan lebar dua banding dari panjangnya;
2. Warna dasar bendera Fakultas dan Sekolah Pascasarjana adalah:
   • Fakultas Syariah berwarna kuning emas, melambangkan keagungan dan kebijakan;
   • Fakultas Tarbiyah berwarna hijau muda, melambangkan harapan masa depan;
   • Fakultas Dakwah dan Ushuluddin berwarna biru muda, melambangkan kejernihan jiwa dan ajakan kepada kebenaran;
   • Sekolah Pascasarjana berwarna hijau tua melambangkan kedalaman wawasan keilmuan dan keahlian.
3. Di tengah bendera Fakultas dan Sekolah Pascasarjana terpampang lambang institut;
4. Di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama tiap Fakultas dan Sekolah Pascasarjana berikut