Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama (IAINU) Kebumen memiliki lambang sebagai-mana terlukis di bawah ini:

Pengertian unsur-unsur lambang IAINU Kebumen:

1. Bentuk lambang adalah berbentuk bola dunia yang didalamnya terdapat menara dan dikelilingi bintang sembilan.
2. Garis lengkung bingkai membentuk sepuluh sudut, melambangkan nilai keutuhan dan kebersamaan yang kokoh.
3. Menara yang pangkalnya berbentuk pena, melambangkan keilmuan.
4. Konfigurasi kubah masjid yang dibentuk oleh lengkungan bulu angsa dan pita, melambangkan keislaman.
5. Kitab Al Qur’an yang terbuka melambangkan dasar keilmuan Islam.
6. Bintang sembilan melambangkan simbol perjuangan wali sembilan.
7. Bola dunia melambangkan kebesaran Nahdlatul Ulama.
8. Tulisan IAINU Kebumen menunjukkan kedudukan nama dan tempat.