Bendera IAINU Kebumen

Bendera Institut:
1. Bendera IAINU Kebumen berbentuk persegi panjang dengan perbandingan panjang dan lebar 3 : 2 .
2. Berwarna dasar hijau tua, melambangkan perjuangan dalam menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional.
3. Bagian tengah bendera terdapat lambang institut dan dibawah lambang terdapat tulisan IAINU KEBUMEN.
4. Warna dasar bendera fakultas pada IAINU Kebumen ditetapkan dengan Keputusan Rektor.